Amikor Mihály vajda zsoldosai Erdélyt dúlták, a templomot a tatárok 1601-ben felgyújtották, de a szobrokat sem elégetni, sem elvinni nem tudták, sőt azok az 1661-es török-tatár dúlást is túlélték. A templomot 1664-ben építették újjá, s ekkor élte Csíksomlyó virágkorát. A település a székelyek egyik gazdasági és kulturális központjává fejlődött: a ferencesek posztógyárat, elemi iskolát, gimnáziumot, tanítóképzőt és papneveldét is működtettek. A mai nagy barokk templom az omladozó régi templom helyén épült 1838-ban, a szabadtéri oltár már a közelmútlt alkotása, Makovecz Imre és csíkszeredai tanítványa, Boros Ernő tervei alapján készült.
Évről évre "megszámlálhatatlan sokaság", ("immens multitudo") szokott a legnagyobb magyar katolikus búcsújáró helyen összegyűlni. A rendezvény fő ünnepe pünkösd szombatján van: délután 1 órakor tartják a nagymisét annak a széles hágónak a gyepén, amely a templom feletti, Jézus hegyének is mondott Kissomlyó és az azon túl emelkedő 1035 méter magas Nagysomlyó erdős hegye közé mélyed be. Máriát dicsőítő énekszóval, körmenettel érkeznek a hívők, miközben állandóan csatlakoznak hozzájuk a más-más városokból, falvakból érkező "keresztaljak", így lesz a menet fokozatosan több kilométer hosszú.
Amikor a menet elhalad a kegytemplom mellett, kettéválik: az egyik ág Jézus hegyét északról megkerülve megy fel a nagymise helyére a hágóba, a másik ág jobbra fordul és felmegy a hegyre. A vonulók számos tradicionális egyházi jelvényt visznek magukkal, így a menet közepe táján, a körmenetet vezető püspök előtt a főoltár bal oldalán látható labarumot, amit a nép labóriumnak nevez. Amikor a papság ezen jelvénnyel az élén felér a Kissomlyó hegyen lévő Salvator kápolna elé, eléneklik az "Egészen szép vagy Mária" éneket, majd folytatják útjukat. A hegyen át vonuló búcsúsok a másik menettel találkozva aztán fokozatosan betöltik a hágó széles terét.
A búcsúról a hívők az ősi hagyományt követve nyírfaággal a kezükben vagy a járművüket azzal feldíszítve térnek haza. Búcsúfiaként az emléktárgyak mellett az egykor kultikus eledelként számon tartott mézeskalács a legjellegzetesebb.